Wydział Logistyki jest kontynuatorem tradycji i dorobku Instytutu Systemów Zabezpieczenia Technicznego Wojsk, powołanego 15 grudnia 1974 roku. Instytut przejął rolę koordynatora szkolenia taktyczno-technicznego w WAT oraz organizatora i głównego realizatora kształcenia podyplomowego i szkolenia kursowego kierowniczej kadry technicznej Sił Zbrojnych WP.

Oprócz zadań dydaktycznych Instytut zajmował się tworzeniem metodologii badań systemów zabezpieczenia technicznego oraz rozwiązywaniem problemów praktycznych zgłaszanych przez wojska. Główny wysiłek naukowy został skoncentrowany na zagadnieniach kierowania służbami technicznymi na szczeblach taktycznych. Restrukturyzacja sił zbrojnych – postawiła przed Instytutem zadania w dziedzinie gruntownej przebudowy programów nauczania i przekształcenia dotychczasowego bloku przedmiotów taktyczno-technicznych w obszar kształcenia taktyczno-logistycznego.

W praktyce zaowocowało to zaproponowaniem i realizacją nowych kierunków działalności naukowo-badawczej oraz rozszerzenie dotychczasowych form kształcenia w postaci kursów i studiów podyplomowych. Powyższe zadania spowodowały konieczność przekształcenia w 1993 roku Instytutu Systemów Zabezpieczenia Technicznego Wojsk w Instytut Logistyki. Kolejne istotne zmiany w funkcjonowaniu Instytutu miały miejsce w 1998 roku.

Instytut Logistyki WAT we współpracy z Biurem Wojskowej Służby Normalizacyjnej (BWSN) rozpoczął realizację studiów podyplomowych i kursów specjalistycznych z zakresu normalizacji, systemów zapewnienia jakości i kodyfikacji, co spowodowało istotne rozszerzenie jego obszaru działalności dydaktycznej. Ogółem w latach 1975 – 2002 w Instytucie przeprowadzono 140 studiów i kursów podyplomowych, w których uczestniczyło ponad 2200 słuchaczy.

Kolejne zmiany przyniósł rok 2003. Z dniem 1 stycznia 2003 nastąpiła zmiana w podporządkowaniu Instytutu. Dotychczasowy Instytut Logistyki został przemianowany na Instytut Automatyzacji Systemów Dowodzenia i Logistyki i stał się jednym z trzech instytutów nowo utworzonego Wydziału Techniki Wojskowej. W roku 2004 zaszły kolejne zmiany w strukturze organizacyjnej, polegające na przekształceniu w Instytut Logistyki Systemów Dowodzenia i Wsparcia.

W grudniu 2006 r. Instytut został merytorycznie podporządkowany Wydziałowi Mechanicznemu i funkcjonował jako Katedra Logistyki. Od 1 września 2012 r. na bazie Katedry Logistyki utworzono Instytut Logistyki Wydziału Mechanicznego, którego dyrektorem został mianowany dr hab. inż. Marian Brzeziński, profesor WAT i pełnił tę funkcję do 31 sierpnia 2016 r. Z dniem 1 września 2014 r. Instytut Logistyki został jedną z trzech podległych jednostek organizacyjnych Wydziału Logistyki. Pierwszym dziekanem nowo powstałego wydziału został dr hab. Julian Maj, profesor WAT i pełnił funkcję do 13.02.2017 r. Od 1 września 2016 r. do 14 lutego 2017 r. stanowisko dyrektora ILOG piastował płk dr hab. Szymon Mitkow, który jest obecnie drugim dziekanem Wydziału Logistyki w kadencji 2016-2020.

Kolejną podległą jednostką WLO jest Centrum Certyfikacji Jakości, które funkcjonuje w strukturach Wydziału Logistyki od 2014  r. kierowane przez dyrektora dr. inż. Witolda Pokorę. CCJ prowadzi  szkolenia dla specjalistów z resortu ON w dziedzinie jakości. Zakres działalności  CCJ obejmuje  certyfikację systemów zarządzania:  jakością, środowiskiem, bezpieczeństwem informacji, bezpieczeństwem i higieną pracy, bezpieczeństwem żywności oraz weryfikację EMAS pod nadzorem Polskiego Centrum Akredytacji. Ponadto wydaje certyfikaty na zgodność z wymaganiami dokumentów standaryzacyjnych AQAP pod nadzorem Wojskowego Centrum Normalizacji, Jakości i Kodyfikacji.

Centrum jest organizatorem corocznych konferencji i sympozjów których celem jest doskonalenie działań w ww. obszarach zarządzania, wymiana doświadczeń, integracja środowiska, rozwijanie współpracy.

W dniu 2 kwietnia 2015 r., na mocy decyzji Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego, Wydział Logistyki uzyskał stosowne uprawnienia do prowadzenia  studiów stacjonarnych i niestacjonarnych na poziomie pierwszego stopnia na kierunku „obronność państwa
o profilu praktycznym. W związku z powyższym 1 września 2015 r. nastąpiły w Wydziale Logistyki zmiany organizacyjne i została utworzona Katedra Systemów Bezpieczeństwa i Obronność, której pierwszym kierownikiem i w dużej mierze jej twórcą został dr hab. Zenon Trejnis.

Po roku od utworzenia Katedry 1 września 2016 r., władze Akademii, doceniając wkład pracy oraz zaangażowanie w działalność dydaktyczną i naukową, zdecydowały o przekształceniu Katedry w Instytut Systemów Bezpieczeństwa i Obronności, powierzając jej kierowanie dr hab. Zenonowi Trejnisowi.