Wydział Bezpieczeństwa, Logistyki i Zarządzania (dawniej Wydział Logistyki) jest kontynuatorem tradycji i dorobku Instytutu Systemów Zabezpieczenia Technicznego Wojsk, powołanego 15 grudnia 1974 roku. Instytut wówczas przejął rolę koordynatora szkolenia taktyczno-technicznego w WAT oraz organizatora i głównego realizatora kształcenia podyplomowego i szkolenia kursowego kierowniczej kadry technicznej Sił Zbrojnych WP.
Oprócz zadań dydaktycznych Instytut zajmował się tworzeniem metodologii badań systemów zabezpieczenia technicznego oraz rozwiązywaniem problemów praktycznych zgłaszanych przez wojska. Główny wysiłek naukowy został skoncentrowany na zagadnieniach dotyczących kierowania służbami technicznymi na szczeblach taktycznych. Restrukturyzacja sił zbrojnych – postawiła przed Instytutem nowe zadania z zakresu gruntownej przebudowy programów nauczania i przekształcenia dotychczasowego bloku przedmiotów taktyczno-technicznych w obszar kształcenia taktyczno-logistycznego.
W praktyce zaowocowało to zaproponowaniem i realizacją nowych kierunków działalności naukowo-badawczej oraz rozszerzenie dotychczasowych form kształcenia w postaci kursów i studiów podyplomowych. Powyższe zadania spowodowały konieczność przekształcenia w 1993 roku Instytutu Systemów Zabezpieczenia Technicznego Wojsk w Instytut Logistyki.
Instytut Logistyki WAT we współpracy z Biurem Wojskowej Służby Normalizacyjnej (BWSN) rozpoczął realizację studiów podyplomowych i kursów specjalistycznych z zakresu normalizacji, systemów zapewnienia jakości i kodyfikacji, co spowodowało istotne rozszerzenie jego obszaru działalności dydaktycznej. Ogółem w latach 1975 – 2002 w Instytucie przeprowadzono 140 studiów i kursów podyplomowych, w których uczestniczyło ponad 2200 słuchaczy.
Kolejne zmiany przyniósł rok 2003. Z dniem 1 stycznia 2003 nastąpiła zmiana w podporządkowaniu Instytutu. Dotychczasowy Instytut Logistyki został przemianowany na Instytut Automatyzacji Systemów Dowodzenia i Logistyki i stał się jednym z trzech instytutów nowo utworzonego Wydziału Techniki Wojskowej.
W roku 2004 nastąpiły kolejne zmiany w strukturze organizacyjnej, polegające na przekształceniu w Instytut Logistyki Systemów Dowodzenia i Wsparcia.
W grudniu 2006 r. Instytut został merytorycznie podporządkowany Wydziałowi Mechanicznemu i funkcjonował jako Katedra Logistyki. Od 1 września 2012 r. na bazie Katedry Logistyki utworzono Instytut Logistyki w Wydziale Mechanicznym, którego dyrektorem został dr hab. inż. Marian Brzeziński, profesor WAT.
Z dniem 1 września 2014 r. Instytut Logistyki został podporządkowany nowo powstałemu Wydziałowi Logistyki.
Pierwszym dziekanem nowo powstałego wydziału został gen. dyw. dr hab. Julian Maj, prof. WAT i pełnił funkcję do 13.02.2017 r.
Od 1 września 2016 r. do 14 lutego 2017 r. stanowisko dyrektora Instytutu Logistyki piastował płk dr hab. inż. Szymon Mitkow, prof. WAT, który jest obecnie Dziekanem Wydziału Logistyki. Od 1 października 2022r. funkcję Dyrektora Instytutu Logistyki pełni dr inż. Marek Kalwasiński.
Instytut Logistyki odpowiedzialny jest za studia I stopnia – inżynierskie, studia II stopnia – magisterskie zarówno dla studentów cywilnych jak i wojskowych oraz studia podyplomowe – Zarządzanie logistyczne w przedsiębiorstwie, Zabezpieczenie logistyczne (studia prowadzone dla potrzeb MON), Zarządzanie w systemie pozyskiwania sprzętu wojskowego (studia prowadzone dla potrzeb MON) oraz Zamówienia publiczne w Logistyce. W 2019 r. sukcesem zakończyła się praca związana z uruchomieniem jednolitych studiów magisterskich dla podchorążych.
Instytut Logistyki służy Siłom Zbrojnym, nauce, gospodarce i społeczeństwu poprzez kształcenie podchorążych i studentów, szkolenie kwalifikacyjne i doskonalące, rozwój kadry naukowo-dydaktycznej oraz prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych w obszarach logistyki, a w szczególności w zakresie organizacji logistyki i technologii logistycznych. Przygotowuje przyszłe kadry inżynierów logistyki dla Sił Zbrojnych RP i Gospodarki Narodowej, przekazuje wiedzę, kształtuje umiejętności i doskonali kompetencje na najwyższym poziomie.
Centrum Certyfikacji Jakości (CCJ) funkcjonuje od 2014 r. w strukturach Wydziału Logistyki (od 2019 roku Wydział Bezpieczeństwa, Logistyki i Zarządzania). Do 10 maja 2018 r. kierowane było przez dyrektora dr. inż. Witolda Pokorę.  Z dniem 1 lipca 2018 r. stanowisko Dyrektora CCJ objęła dr inż. Joanna Jasińska.
Centrum Certyfikacji Jakości (CCJ) posiada akredytację Polskiego Centrum Akredytacji w zakresie certyfikacji systemów zarządzania na zgodność z wymaganiami PN-EN ISO 9001 (QMS), PN-EN ISO 14001 (EMS), PN-ISO 45001 (HSMS), PN-EN ISO/IEC 27001 (ISMS), PN-EN ISO 22000 (FSMS). CCJ przeprowadza audyty przedsiębiorcy wystawiającego dokumenty DPR, DPO, EDPR, EDPO, organizacji odzysku sprzętu elektrycznego i elektronicznego, zakładu przetwarzania, oraz weryfikacji EMAS. CCJ jest również akredytowaną i notyfikowaną jednostką certyfikującą wyroby pirotechniczne.
CCJ jako jednostka resortu   Obrony Narodowej certyfikuje systemy zarządzania na zgodność z wymaganiami publikacji Sojuszniczej Zapewnienia Jakości (AQAP): AQAP 2110, AQAP 2210, AQAP 2310, AQAP 2105.
Ponadto certyfikuje w obszarach związanych z  m.in.: wewnętrznym systemem kontroli (WSK), systemem zarządzania energią ISO 50001 (EnMS), systemem zarządzania ciągłością działania ISO 22301(BCMS), systemem zarządzania działaniami antykorupcyjnymi PN-ISO 37001 (ABMS).
CCJ jest organizatorem corocznych konferencji i sympozjów, których celem jest doskonalenie działań w ww. obszarach zarządzania, wymiana doświadczeń, integracja środowiska, rozwijanie współpracy.
W dniu 2 kwietnia 2015 r., na mocy decyzji Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego, Wydział Logistyki uzyskał stosowne uprawnienia do prowadzenia  studiów stacjonarnych i niestacjonarnych na poziomie pierwszego stopnia na kierunku „obronność państwa” o profilu praktycznym. W związku z powyższym 1 września 2015 r. nastąpiły w Wydziale Logistyki zmiany organizacyjne i została utworzona Katedra Systemów Bezpieczeństwa i Obronność, której pierwszym kierownikiem i w dużej mierze jej twórcą został dr hab. Zenon Trejnis.
Po roku od utworzenia Katedry 1 września 2016 r., władze Akademii, doceniając wkład pracy oraz zaangażowanie w działalność dydaktyczną i naukową, zdecydowały o przekształceniu Katedry w Instytut Systemów Bezpieczeństwa i Obronności, powierzając kierowanie nim prof. dr. hab. Zenonowi Trejnisowi.
Od 1 lipca 2019 r. dyrektorem Instytutu został por. dr hab. Marcin Górnikiewicz, prof. WAT. Z dniem 7 listopada 2019 r. Instytut zmienił nazwę na Instytut Bezpieczeństwa i Obronności, prowadząc działalność naukowo-badawczą w dziedzinie „nauk społecznych”, dyscyplinie „nauki o bezpieczeństwie”. Zatrudniając 51. nauczycieli, w tym: 11. profesorów, 8. doktorów habilitowanych, 30. doktorów oraz 2 magistrów, dba o zapewnienie warunków do ich rozwoju naukowego. Instytutu odpowiedzialny jest za studia I i II stopnia na kierunkach: „Bezpieczeństwo narodowe” i „Obronność państwa”. Prowadzi również studia podyplomowe „Audyt i kontrola wewnętrzna w organizacjach zhierarchizowanych i administracji publicznej” oraz „Inspektor Ochrony Informacji”. Od 1 marca funkcję dyrektora Instytutu pełni dr Patrycja Bryczek-Wróbel.
Z dniem 1 lipca 2019 r. nastąpiło przekształcenie Wydziału Logistyki i Wydziału Cybernetyki, w wyniku którego Instytut Organizacji i Zarządzania stał się jednostką podległą WLO. Celem przekształcenia Wydziałów jest integracja struktur organizacyjnych WAT pod względem funkcjonalnym oraz wykorzystanie potencjału badawczo-dydaktycznego dla kształcenia, prowadzenia badań naukowych i prac rozwojowych skupionych w dziedzinie „Nauk społecznych” w dyscyplinie „Nauki o bezpieczeństwie”.
Od 1 października 2019 r. Wydział Logistyki zmienił nazwę na Wydział Bezpieczeństwa, Logistyki i Zarządzania.
Geneza Instytutu Organizacji i Zarządzania sięga  Katedry Nauk Społeczno-Politycznych oraz Katedry Ekonomii Politycznej i Ekonomiki Wojennej (powołanych w 1967 r.), następnie instytutów: Nauk Społeczno-Politycznych  (1988 r.), Nauk Społecznych (1989 r.) oraz Instytutu Nauk Humanistycznych (1990 r.). Był on jedną z podstawowych jednostek organizacyjnych Wojskowej Akademii Technicznej o charakterze ogólnoakademickim, ponieważ zakresem działalności dydaktycznej obejmował wszystkie kierunki studiów i formy kształcenia w Wojskowej Akademii Technicznej. Funkcję szefa INH pełnili: płk doc. dr hab. Waldemar Bańka (1988-1991), prof. dr hab. Jerzy Skowronek (1991-1993), prof. dr hab. Franciszek Gołembski (1993-1997), dr hab. Kazimierz Łastawski (1997-1998), płk dr hab. Roman Tomaszewski (1999-2002) oraz ppłk dr hab. Wojciech Włodarkiewicz (2002).
Kilkakrotnie zmieniała się struktura organizacyjna i usytuowanie organizacyjne INH w WAT. 1 stycznia 2003 r. Instytut Nauk Humanistycznych został przekształcony w Instytut Organizacji i Zarządzania i włączony do Wydziału Cybernetyki. Pierwszym dyrektorem IOiZ został dr hab. Wojciech Włodarkiewicz, a kolejnymi: dr hab. Janusz Świniarski (15 X 2003-31 VIII 2005), dr hab. inż. Włodzimierz Miszalski (1 IX 2005-31 VIII 2016) oraz prof. dr hab. inż. Piotr Zaskórski (1 IX 2016-30 IX 2019). Od 1 października 2019 r. dyrektorem IOiZ jest prof. dr hab. Wojciech Włodarkiewicz.
Instytut Nauk Humanistycznych wspólnie z Wydziałem Cybernetyki WAT w 1998 r. rozpoczął kształcenie studentów cywilnych na niestacjonarnych studiach wyższych I stopnia na kierunku zarządzanie i marketing (od 2006 r. zarządzanie) oraz od 1 października 2009 r. do 30 września 2019 bezpieczeństwo narodowe (studia wyższe I i II stopnia stacjonarne i niestacjonarne). Instytut w swojej ofercie dydaktycznej od 1995 r. miał również: Zaoczne Podyplomowe Studia Organizacji i Zarządzania, od 1999 r. Podyplomowe Studia Bezpieczeństwa Międzynarodowego, Podyplomowe Studia Przywództwa i Komunikacji Społecznej oraz Podyplomowe Studia Pedagogiki, przeznaczone dla nauczycieli akademickich WAT.
Obecnie Instytut jest jednostką organizacyjną Wydziału Bezpieczeństwa, Logistyki i Zarządzania WAT, jest odpowiedzialny jest za studia I i II stopnia na kierunku zarządzanie oraz za zajęcia z przedmiotów społecznych, humanistycznych i ekonomicznych dla studentów cywilnych i podchorążych wszystkich kierunków studiów w WAT. Nauczyciele akademiccy IOiZ prowadzą również studia podyplomowe, w roku akademickim 2020/2021 na zamówienie MON Zarządzanie Zasobami Ludzkimi. W roku akademickim 2020/2021 Instytut uruchomi jednolite studia magisterskie na potrzeby MON na kierunku logistyka ekonomiczna.
Obok działalności dydaktycznej, pracownicy IOiZ prowadzą badania naukowe głównie w dziedzinie nauk społecznych oraz w dziedzinie nauk humanistycznych, systematycznie uzyskując kolejne stopnie awansu naukowego. Obecnie IOiZ zatrudnia 45 nauczycieli akademickich (3 profesorów, 9 doktorów habilitowanych, 29 doktorów i 4 magistrów) oraz 3 pracowników administracyjnych.